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1988年，我国科学家就开始建议制定中国大陆科学钻探计划。
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1991年，原地矿部开始组织进行“中国大陆科学钻探先行研究和选址研究”。
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1992年，地质科学钻井工程列入“国家中长期科学技术发展纲要”。
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1994年2月，中国科学院地学部组织专家开展地球科学“入地”发展战略研究。
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1995年11月，国务院领导批准中国加入“国际大陆科学钻探计划（ICDP）”。
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1996年2月中国正式成为ICDP三个发起国之一，另外两个发起国分别为德国和美国。
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1996年7月，ICDP科学顾问委员会审议了“大别－苏鲁超高压变质带开展大陆科学深钻初步建议书”，并给予高度评价。
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1996年8月，原地矿部与德国地学中心签订了在大别-苏鲁进行科学钻探的合作协议书。
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1997年3月中德合作进行"大别山超高压变质带地球物理调查"。
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1997年5月国家计委组织两院院士审议通过了原地矿部提交的“中国大陆科学深钻工程立项报告”。
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1997年6月，国家科技领导小组批准“中国大陆科学钻探工程”列入“九五”国家重大科学工程项目。
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1997年8月，由ICDP资助的“大别－苏鲁超高压变质带大陆科学钻探选址国际研讨会”召开，中外专家一致赞同在江苏北部东海县实施5000米的科学深钻。
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1997年11月，中国大陆科学钻探工程第一口预先导孔（CCSD－PP1，430m）钻探完成。1998年4月，国际大陆钻探计划组织（ICDP）审议通过了“中国大别－苏鲁超高压变质带大陆科学钻探”项目正式建议书，并予以150万美元经济资助。
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1998年12月，中国大陆科学钻探工程首席科学家会议在美国斯坦福大学召开，初步确定了国际合作和科学研究计划。
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1998年12月，中国大陆科学钻探工程第二口预先导孔（CCSD－PP2，1000m）开始钻探。
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1999年9月底,
经历近十年的努力，在建国五十周年大庆前夕国家计委正式批准了中国大陆科学钻探工程项目立项建议书，这标志着该工程项目正式开始实施。
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2000年3月28日至3月29日，由国家计委中咨公司组织十余位专家在北京对《中国大陆科学钻探工程工程可行性研究报告》(工程部分)进行了专家论证，与会十余位专家一致同意通过此报告，从此，中国大陆科学钻探工程正式进入设计施工阶段。
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2000年11月14至15日，国土资源部受国家计委的委托组织专家评审并通过了中国大陆科学钻探工程设计。
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中国大陆科学钻探工程科研设计研讨会于2000年12月7日～8日在中国地质科学院地质研究所举行。
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2001年6月25日，中国大陆科学钻探工程先导孔开始试钻，现场仪器设备以及其它生产、生活设施基本到位。6月底至7月初，ICDP组织专家到东海现场进行培训。7月初，用于扫描录入岩心的DIS软件调试成功，用于岩石物性、流体化学测试的各种设备安装运行顺利，试钻一切正常，正式开工仪式前的准备工作就序。
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2001年8月2日，国家计委批准了中国大陆科学钻探工程的初步设计和开工，8月4日，中国大陆科学钻探工程在江苏东海钻探现场举行了开工仪式，全国政协副主席万国权、国土资源部部长田风山等出席。各新闻单位竞相报道。
