为实施中国大陆科学钻探工程,国土资源部成立了由部领导挂帅的中国大陆科学钻探工程领导小组，专门组建了中国大陆科学钻探工程中心和科学顾问委员会.工程中心下设地学部、工程部和办公室。工程中心主任由中国地质调查局常务副局长王达担任,首席科学家为中国科学院院士许志琴.
    中国大陆科学钻探工程由以下五个子工程组成：①钻探子工程，②地质及分析测试子工程，③地球物理子工程，④测井子工程，⑤网络与信息系统子工程。
    为保证工程顺利进行，在东海钻井现场成立了工程指挥部，总指挥由王达担任，首席科学家许志琴院士、钻探专家倪家禄教授、地球物理学家杨文采教授任副总指挥。杨经绥教授任现场总地质师，张伟教授任现场总工程师。指挥部下设办公室、钻探调度室、钻探技术室、岩石构造编录室、流体地球化学实验室、岩石物性实验室、测井室和信息中心。